참고 항목: 다운로드 한 데이터가 불완전 하거나 손상 된 것 같습니다-어떻게 다운로드할 문제에 도움을 받을 수 있습니까? * 귀하의 pingfederate 서버 라이센스와 함께 무료로 다운로드할 수 있습니다. 참고: 이러한 추가 기능을 작동 하도록 pingfederate 서버의 설치가 필요 합니다. 추가 기능을 다운로드 하려면 활성 라이선스가 있어야 하며 라이선스를 구하는 데 사용 되는 전자 메일 주소로 Ping id 웹 사이트에 로그인 해야 합니다. 아직 로그인 하지 않은 경우 추가 기능 제품을 선택할 때이를 수행 하 라는 메시지가 표시 됩니다. 최신 버전을 다운로드 하 여 설치할 제품을 선택 합니다. pingfederate 페이지에는 통합 키트와 추가 기능도 포함 되어 있습니다. 사무실 365 연결관 2.2 pingdirectory 연결관 1.0 pingid 연결관 1.0.1 asympptic 스케일링의 관점에서, 점진적 선인장 입력 genomes의 숫자에 선형적으로 확장 됩니다, 제공 된 계통 발생 트리가 제공 됩니다. 나무가 제공 되지 않거나 나무가 제대로 해결 되지 않으면 (예: 가까운 스타 트리) 스케일링은 입력 genomes의 숫자에 이차입니다. 입력 게놈 길이 스케일링의 관점에서 약 이차는 gigabase genomes에 megabase, 하지만 효율적인 폭발 알고리즘과 관련 된 작은 계수입니다. 예를 들면, 그의 메디아 길이가 단지 약 5 인 계통 발생 나무 없이 66 대장균 또는 shigella 게놈를 맞추는 것은, 게놈의 수에도 불구 하 고 실질적으로 더 빠르다: uniprot는 매 4 주마다 새롭게 한다 업데이트). 검색 결과 페이지의 다운로드 링크를 따라이 웹 사이트에서 직접 작은 데이터 세트 및 하위 집합을 다운로드할 수 있습니다.

전체 데이터 세트를 다운로드 하기 위해 ftp.uniprot.org을 사용 하는 것이 좋습니다. 당신은 유럽, 중동 또는 아프리카에 있는 경우, 당신은 대신 영국 이나 스위스에서 우리의 미러 사이트에서 데이터를 다운로드 할 수 있습니다. 당신은 벽-클럭 시간 (총 런타임: 20h11m51s)의 하루에 대 한 소요와 바로 아래 100 CPU 일 당 게놈 정렬 (70weeks2days1h20m56s/5 ~ = 98 일)가 나타납니다. 이것은 1000 cpu (실제 사용량이 1000 보다 일반적으로 낮은)와 함께 공유 컴퓨팅 클러스터에서 실행 되었고 대용량 메모리 작업의 경우 컴퓨터에는 64 cpu와 1tb RAM이 있습니다. 큰 메모리 기계 (위)에 램과 총 최고 메모리 사용의 약 100gb 정도 사용 된 가장 큰 표적은 램의 ~ 250gb 이었다. 파이썬 버전 간의 비 호환성을 피하기 위해, 그리고 그것에 의존 하는 다른 라이브러리, progressiveCactus, alaligner를 제외한 패키지의 도구를 사용 하 여 로드 해야 합니다 가상 환경을 만듭니다. 이 환경을 로드 하면 해당 도구를 보다 쉽게 사용할 수 있도록 세션의 경로, 파이 톤 경로 및 기타 환경 변수가 임시로 수정 됩니다. 한 가지 중요 한 마지막 문제는, 진보적인 선인장 합리적 게놈 어셈블리 1000s 또는 conggs의 1000s 심지어 수백 구성 된 정렬할 수 있습니다/건설 기계. 그것은 다소 결과 HAL 파일 크기를 확장할 수 있지만 시퀀스의 수는 크게 런타임을 (포유류 게놈는 50k 이상의 건설 기계와 어셈블리를 포함), 변경 하지 않아야 합니다.

총 벽 시계 런타임은 약 17 시간 (17h10m17s) 이었고 총 계산 시간은 단지 4 일 (4days11h32m1s) 이상 이었다.